De waterlopen van Merchtem spoelen grotendeels hun water naar de Rupel.Daarom behoort geheel het grondgebied tot de Rupelkom. Men telt hier 8 beken: De Grote Molenbeek ontspringt in Kobbegem en maakt de scheiding tussen Mollem en Brussegem en ontvangt in Merchtem de Stambeek, de Puttenbeek, de Kwetsenbeek en de Robbeek. De Oude Baanbeek en de Rollebeek vloeien in Steenhuffel in de Grote Molenbeek. Enkel de Brabantsebeek loopt in de Dender.Melden van problemen aan waterlopen en grachten:contactgegevens infrastructuurOnderhoud en herstel aan waterlopen 3de categorie, niet-geklasseerde waterlopen en baangrachten wordt door de gemeentelijke werklieden gedaan.Onderhoud en herstel aan waterlopen 2de categorie: dienst waterlopen Vlaams-Brabant, telefoonnr 016 26 75 02,waterlopen@vlaamsbrabant.be, provincie Vlaams-Brabant/wonen en milieu/waterAanvraag tot overwelven of inbuizing van grachten, baangrachten en niet-gerangschikte onbevaarbare waterlopen: Op 17 oktober 2006 heeft de provincieraad van Vlaams-Brabant de provinciale stedenbouwkundige verordening met betrekking tot het overwelven van grachten, baangrachten en niet-gerangschikte onbevaarbare waterlopen definitief vastgesteld. Op 7 februari 2007 heeft de Vlaamse minister van Financiën en Begroting en Ruimtelijke Ordening dit besluit goedgekeurd, met uitsluiting van artikel 3. Op 28 februari 2007 is het besluit in het staatsblad gepubliceerd. 14 dagen na deze bekendmaking is het besluit in werking getreden. provinciale stedenbouwkundige verordening contactgegevens stedenbouw